清水寺の歴史は古く、鎌倉時代の建長元年(1249年)にまで遡ります。
1249年、常陸の国(現在の茨城県)出身の、日用比丘(ひようひこ)という僧が各地を遍歴していました。
その際に、うっそうと茂った木立の中に、清浄な水がこんこんと湧き出ているのを発見し、俗塵を洗うような清浄な処であることを愛し、遂には自ら茅屋を結んだのが始まりと言われています。
その後、郷人が日用比丘の徳行の非凡なことをみて大変尊敬し、比丘のために競って浄財を喜捨し、たちまちにして寺院が出来たといいます。
ときの領主、大蔵隆真は立派な田を9段余寄進し、寺院としての基礎ができました。
天正7年(1579年)大友の兵火をこうむって一時衰退しましたが、寛文8年(1668年)久留米梅林寺第二世澤雲和尚の高弟休岳和尚が入山して再興しました。
昭和60年3月、自然水の再発見とその環境保護の目的で当時の環境庁から「日本名水百選」のひとつとして指定されました。
現在も地域住民のみなさんや清水湧水保存会のみなさん、清水寺の住職さんなどにより大切に守られています。